满洲里综合保税区是我区首家综合保税区，也是全国第46家获批的综合保税区，于2015年3月经国务院正式批复设立，规划区域面积1.44平方公里。满洲里综合保税区的设立，是内蒙古自治区融入国家“一带一路”战略的重要举措，是依托口岸优势建立的中俄蒙欧经贸合作向高层次过渡的战略平台。它的建设运营，将为促进满洲里航空、铁路、公路三大口岸融合，实现综合保税区、中俄互市贸易区、边境经济合作区、国际物流产业园区等多个开放载体联动、政策互享、功能叠加、融合发展发挥重要的核心作用。
满洲里综合保税区封关运营在即，将以“服务全国、面向俄蒙、辐射欧亚”为立足点，充分利用口岸、边贸、区位“三大优势”；重点发展保税仓储、现代物流、保税加工、国际贸易“四大产业”；着力打造以口岸经济为依托的国际商品展示交易中心、以公路、铁路和航空口岸为优势的国际分拨配送中心、以冷链物流为特色的现代物流中心、以特色金融为依托的国际贸易结算中心、以保税功能为基础的高端产业发展中心“五大中心”。